环形单链DNA:基因治疗领域的革命性突破

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在基因治疗领域,一个潜在的救命疗法往往会被我们的免疫系统误认为是危险的感染。这是因为大多数基因疗法使用病毒或双链DNA来递送遗传信息到目标细胞。传统双螺旋结构的DNA可能导致毒性免疫刺激,并且难以包装到细胞递送载体中。因此,基因治疗的应用范围目前受到很大限制。

然而,一家名为Kano Therapeutics的MIT衍生公司正在采用一种全新的方法来开发基因疗法。该公司正在使用环形单链DNA(cssDNA)开发基因编辑技术,这种生物分子比双链DNA毒性更低,比RNA更稳定,并且能够更有效地递送到身体多个部位,用于治疗遗传疾病、癌症等多种疾病。

创新技术的诞生

Kano Therapeutics由前MIT博士后Floris Engelhardt、生物工程学教授Mark Bathe和MBA毕业生John Vroom于2021年共同创立。公司正在开发一个定制化长度和序列的cssDNA制造平台,能够递送遗传物质来修复或替换缺陷基因。

"我们可以与CRISPR和其他基因编辑技术配合使用,"Engelhardt解释道,"CRISPR能够找到基因组中的特定位置,与之结合并切割该位置,从而允许你编辑基因或阻止基因功能。但如果你有功能缺失性疾病,需要插入新的遗传代码片段怎么办?我们的方法可以让你替换整个基因或添加遗传信息。"

DNA技术的灵活性革命

大约在2019年,Bathe的实验室发表了一项研究,描述了如何设计和工程化cssDNA分子的序列和长度。这种分子在实验室中已使用数十年,但近年来在改善基因疗法方面越来越受到关注。几家制药公司立即联系了他们。

"单链DNA有点像信使RNA,可以在任何细胞、肿瘤或器官中编码任何蛋白质,"Bathe说,"它从根本上编码蛋白质,因此可以跨多种疾病使用,包括可能只影响国内少数人的罕见疾病。"

Engelhardt在慕尼黑攻读博士学位时也曾研究过cssDNA。她在一次会议上遇到了Bathe。

"我们当时考虑合作研究,"Engelhardt回忆道,"然后Mark听说我即将完成博士学位,说:'等一下。与其合作,我应该雇佣你。'"

提交博士论文后48小时内,Engelhardt收到了一封邮件,邀请她申请Bathe实验室的博士后职位。她被这个职位吸引,因为她将专注于有潜力帮助患者的研究。

"MIT非常擅长创建面向行业的博士后项目,"Engelhardt说,"我受到启发,想着以创立公司为目标进行博士后工作,而不是仅仅进行学术研究。"

克服基因治疗的局限性

Bathe和Engelhardt从制药行业成员那里了解到,单链DNA如何帮助克服基因和细胞疗法的局限性。尽管基于CRISPR的治疗最近已被批准用于几种遗传疾病,但CRISPR的有效性受到其潜在毒性和向身体特定部位递送效率不高的限制。此外,这些治疗只能给药一次,因为CRISPR经常被我们的免疫系统标记为外来物质并被身体排斥。

Engelhardt开始探索MIT的资源,以帮助商业化她的研究。她通过MIT在线"创始人速配"活动遇到了Vroom。她还获得了风险指导服务的支持,在MIT斯隆管理学院学习了课程,并与MIT产业联络项目合作。早期,Bathe建议Engelhardt与MIT技术许可办公室合作,她告诉每位创始人,一旦开始考虑将研究商业化,就应该立即这样做。

2021年,Kano在MIT斯隆医疗创新奖(SHIP)中获得2万美元一等奖,以商业化一种设计和制造单链DNA的新方法。Kano使用发酵技术生产cssDNA,比基于化学DNA合成的方法成本更低。

"没有人能够获取这种类型的遗传材料,因此我们的大量工作集中在创建最高质量、经济上可扩展的工艺,使环形单链DNA在商业上可行,"Engelhardt说。

技术优势与应用前景

如今,Kano的环形单链DNA可用于将长达10,000个核苷酸的整个基因插入体内。Kano计划与制药公司合作,使他们的基因疗法更具靶向性和效力。例如,制药合作伙伴可以使用Kano的平台将CD19和CD20基因(在某些肿瘤细胞中表达)连接起来,并规定只有当两个基因都结合到细胞受体时,它们才会进入该细胞的基因组并进行编辑。

总的来说,Engelhardt表示,使用环形单链DNA使Kano的方法比CRISPR等平台更灵活。

"我在博士后早期与制药公司合作时意识到,由于无法获取这些分子,缺乏设计理解,"Engelhardt说,"当涉及到基因或细胞疗法时,人们只考虑基因本身,而不是侧翼序列或基因周围的任何其他东西。既然DNA不再一直困在双螺旋结构中,我可以创建小的三维结构——比如环或发夹结构——它们可以作为将DNA拉入细胞核的结合蛋白发挥作用。这为DNA开辟了一条全新的路径,因为它使DNA可工程化——不仅在结构水平上,也在序列水平上。"

合作伙伴关系与市场影响

为了促进更多合作伙伴关系,Kano正在与合作伙伴签订协议,给予公司较小比例的最终药物特许权使用费,但允许同时与多家公司合作。最近与默克集团(Merck KGaA)的合作中,Kano将其环状cssDNA平台与该公司的脂质纳米颗粒解决方案相结合,用于递送基因疗法。Kano还与其他大型制药公司进行谈判,计划在未来两年内将癌症药物共同带入临床。

"这令人兴奋,因为我们将把我们的DNA整合到合作伙伴的药物系统中,因此当他们提交新药物并给首批患者用药时,我们的DNA将成为疗效的治疗信息载体,"Engelhardt说,"作为首次创业者,这就是你想去的地方。我们一直在谈论对患者的影响,这就是我们将实现它的方式。"

Kano还在开发第一个将cssDNA设计与活性相关联的数据库,以加速新疗法的开发。

"目前,人们不了解如何为这些疗法设计DNA,"Engelhardt说,"每个想要差异化的人都必须开发新的编辑工具、新的递送工具,但没有连接公司能够促进这些专业领域的合作。当合作伙伴来找我们时,我们可以说,'基因序列完全归你所有。'但通常问题不在于序列本身,还在于允许你将DNA插入基因组的启动子或侧翼序列,或者使DNA能够很好地包装到递送纳米颗粒中。在Kano,我们正在建立最佳知识库,使用DNA材料来治疗疾病。"

技术原理与科学价值

环形单链DNA技术的核心优势在于其独特的分子结构。与传统双链DNA不同,cssDNA的单链结构使其能够形成各种三维构象,如发夹、环状结构等。这些结构可以设计成具有特定功能的分子,例如作为核定位信号帮助DNA进入细胞核,或作为特异性识别元件靶向特定细胞类型。

这种结构灵活性使得cssDNA在基因编辑中具有独特优势。CRISPR技术虽然强大,但主要依赖于双链DNA断裂和修复机制,对于需要插入整个基因或大片段DNA的应用场景存在局限性。而cssDNA可以直接作为模板进行基因替换或添加,无需依赖细胞的DNA修复机制,大大扩展了基因编辑的可能性。

此外,cssDNA的免疫原性显著低于双链DNA和病毒载体。传统基因治疗中使用的病毒载体常常会引发强烈的免疫反应,导致治疗效果受限或需要重复给药。cssDNA的低免疫原性特性使得基因治疗可以多次给药,提高了治疗的灵活性和持续性。

生产工艺与商业化路径

Kano Therapeutics在生产工艺上也实现了重要突破。传统的DNA合成主要依赖化学方法,不仅成本高昂,而且难以生产长链DNA分子。Kano采用生物发酵方法生产cssDNA,大幅降低了生产成本,同时能够生产长达10,000个核苷酸的DNA片段,满足了大多数基因治疗的需求。

公司的商业化策略也颇具创新性。与传统生物技术公司不同,Kano采用"轻资产"模式,专注于核心技术的研发和平台建设,而将具体药物的开发留给合作伙伴。这种模式使得Kano能够与多家制药公司同时合作,扩大技术影响力,同时降低风险和资本需求。

在知识产权方面,Kano构建了全面的专利组合,保护其cssDNA设计、生产和应用的核心技术。这包括DNA序列设计方法、生产工艺优化、以及在基因治疗中的具体应用等多个层面的专利保护。

行业影响与未来展望

基因治疗领域正在经历快速发展,但仍面临诸多挑战。递送效率低、免疫原性强、生产成本高、靶向性不足等问题制约了基因治疗的广泛应用。Kano的cssDNA技术为解决这些问题提供了新的思路和方法。

随着基因治疗市场的不断扩大,预计到2030年将达到数千亿美元的规模。在这一背景下,Kano的技术平台具有巨大的市场潜力。公司正积极拓展适应症范围,从最初的血液系统肿瘤扩展到实体瘤、遗传性疾病、自身免疫疾病等多个领域。

未来,Kano计划进一步优化其cssDNA平台,提高DNA片段的长度和稳定性,开发更智能的递送系统,并建立更完善的DNA设计-活性数据库。这些进展将进一步推动基因治疗的发展,使更多患者能够受益于这一革命性治疗方式。

在科学探索方面,cssDNA技术也为基础研究提供了新工具。研究人员可以利用定制化的cssDNA来研究基因功能、调控机制和细胞信号通路,加速对生命科学的理解。这种技术的应用前景不仅限于医学领域,还可能在生物计算、生物传感和材料科学等多个方向产生深远影响。

结语

Kano Therapeutics通过环形单链DNA技术,为基因治疗领域带来了革命性的突破。这一创新不仅解决了传统基因治疗中的多个关键问题,还为基因编辑开辟了全新的可能性。随着技术的不断成熟和商业化的深入推进,我们有理由相信,cssDNA将在未来改变基因治疗的格局,为更多患者带来新的希望。这不仅是一项技术创新,更是对生命科学边界的拓展,代表着生物医学领域的一个重要里程碑。